Hiyori Iki era una estudiante normal de secundaria, al menos hasta que es golpeada por un autobús mientras trataba de salvar la vida de una persona justo antes de cruzar la calle su nombre es Yato . Este obligará a empezar una vida un poco extraña. Después de conocer a Yato, que se revela como un Dios, descubre que su cuerpo, después del incidente, empezó a quedarse dormido de repente, y por lo tanto su alma sufrirá algún tipo de separación temporal. Incapaz de resolver el problema por sí misma, le pide ayuda a Yato, que promete ayudarla a cambio de ¥ 5. Yato, a su vez, está en busca de un tesoro sagrado, una "herramienta" del cual todo Dios no puede dejar de usar ya que es necesaria y así se conocerán con Yukine un adolescente que falleció hace poco y ahora es el Shinki de Yato.
